Nuori Aya asustelee lastenkodissa tuiki tietämättömänä oikean äitinsä maagisista voimista. Kodin lapset ja aikuiset tottelevat jostain syystä hänen kaikkia oikkujaan. Ayan elämä saa uuden käänteen, kun mystinen kaksikko adoptoi hänet luokseen.

Aya ja noita on legendaarisen Studio Ghiblin uusin elokuva ja sen on ohjannut Goro Miyazaki (Maameren tarinat). Tarina perustuu Diane Wynne Jonesin kirjaan, kuten Studio Ghibli –klassikko Liikkuva linna (2004).