Kapernaum – Kaaoksen lapset on tarina Zainista (Zain al Rafeea), libanonilaisesta pojasta joka haastaa vanhempansa oikeuteen. Syyte on epätavallinen: lapsen saattaminen maailmaan karuissa oloissa, joissa selviytyminen on taistelua.

12-vuotiaan Zainin ja hänen sisaruksiensa lapsuus jää lyhyeksi Beirutin slummeissa. Kun hänen siskonsa kokee kovan kohtalon lapsiavioliiton seurauksena, Zain saa tarpeekseen ja pakenee kotoaan. Nokkela ja sinnikäs poika etsii avaimia parempaan elämään ja ystävystyy siivoojana työskentelevän Rahilin (Yordanos Shiferaw) kanssa. Kiltti Rahil tarjoaa hänelle kodin ja Zain auttaa vahtimalla hänen pientä poikaansa Yonasta (Boluwatife Treasure Bankole). Mutta kun Rahil yllättäen katoaa, Zainin on kerättävä kaikki voimansa, rohkeutensa ja kekseliäisyytensä huolehtiakseen itsestään ja Yonaksesta. Kuinka pitkään he pystyvät selviytymään maailmassa, jossa toivosta on jäljellä enää himmenevä kipinä?