Salainen metsäni kertoo kommunikoinnin tärkeydestä ja rakkauden kaipuusta elokuvan päähenkilön, 20-vuotiaan autistisen Laurin näkökulmasta. Lauri kirjoittaa syviä ajatuksia rakkaudesta. Hän ei pysty kommunikoimaan puhumalla, mutta henkilökohtainen tulkki Pirjo auttaa häntä kirjoittamaan ajatuksia, jotka olisivat muuten lukittuina miehen sisään. Autismin tuomien haasteiden keskellä toiveista suurin on rakkaus, jota Lauri kaipaa elämäänsä ylitse kaiken.
Onko ihmisellä juuret kuin puulla? Lauri kysyy pohtien paikkaansa maailmassa. Luonnossa Laurilla on hyvä olo, siellä hän voi maadoittua kuin menninkäinen ja rauhoittua ajatustensa keskellä. Lauri avaa taidokkaasti kirjoituksillaan luonnon salaisuuksista sellaisen kauneuden, jonka katsojakin aistii sielullaan.