Asetuttuaan aloilleen Green Hillsin pikkukaupunkiin Sonic haluaa todistaa, että hänessä on ainesta oikeaksi sankariksi. Hän joutuu todelliseen koetukseen kun Dr. Robotnik (Jim Carrey) tekee paluun. Robotnikilla on mukanaan uusi aisapari, tappelupukari Knuckles, ja kiikarissa mystinen smaragdi, joka kätkee sisäänsä tuhoavan voiman. Sonic löytää apurikseen uuden ystävän, etevän Tailsin. Yhdessä he lähtevät etsimään smaragdia ennen kuin se päätyy vääriin käsiin. (Lähde: Finnkino Oy)